由于作为公共交通末梢的镇村公交线路营运成本高、客源少、收入低、区域发展不平衡等问题，一定程度上影响了城乡客运一体化的全面推进。

    为此，南通市县两级政府将加大政策和资金扶持力度，进一步完善和优化规划，以规划引领镇村公交发展，预计“十二五”期间，南通市交通部门用于城乡公交的补贴，将超过7500万。同时，南通市交通部门将进一步加大城乡公交一体化的监督和考核，提升服务质量。

    目前，南通全市共运行县乡农村客运班线110条，营运车辆684辆；全市88个乡镇中共有49个乡镇范围内所有行政村全部通了公交，另有10个乡镇的部分行政村开通了公交线路，镇村公交开通率为55.6%；共有1313个行政村已通达城乡公交或镇村公交，行政村通公交率达到89.2%。
    南通力争2015年，全市80%乡镇开通镇村公交；到2018年，全市100%乡镇开通镇村公交。